Systém pro prostorově rozlišenou transkriptomiku s vysokým rozlišením

Předmět zakázky

Jedná se o dodávku systému pro prostorově rozlišenou transkriptomiku s vysokým rozlišením, který umožňuje detekci mRNA transkriptů pro vybraný panel genů při prostorovém rozlišení na jednobuněčné nebo dokonce molekulární úrovni, a to jak v řezech z parafínových bločků, tak z čerstvě zmražených histologických preparátů. Tímto způsobem systém kvantifikuje expresní aktivitu vybraných genů a zároveň zachycuje pozice jejich transkriptů v buňce. Po vlastní IB-SRT analýze je na vzorku možné provádět fluorescenční mikroskopii a barvení hematoxylinem a eosinem (H&E), popřípadě prostorovou transkriptomiku s nízkým rozlišením (sequencing-based spatially resolved transcriptomics, SB-SRT). Systém tak umožňuje analýzu transkripčního profilu buněk v prostorovém kontextu a jeho přímé spřažení s buněčným fenotypem. Systém zahrnuje výpočetní a softwarové řešení, které provádí zpracování obrazové informace, segmentaci buněk, kvantitativní vyhodnocení a vizualizaci dat. Výstupy z tohoto zpracování jsou dostupné v otevřených formátech pro vizualizaci a další analýzy. Systém dále zahrnuje potřebná doplňková zařízení jako je přístroj na přenos vzorků pro následné analýzy (SB-SRT), antivibrační stůl a další příslušenství nutné k provádění experimentů. Systém musí být dodán s veškerým nezbytným příslušenstvím do místa plnění, včetně jeho instalace v místě plnění a zaškolení pověřených zaměstnanců Zadavatele v českém nebo anglickém jazyce, a to na náklady vybraného dodavatele.