Multiplexový plně automatizovaný urgentní test pro syndromové PCR testování respiračních, gastrointestinálních, kloubních infekcí, infekcí centrálního nervového systému (CNS), krevního řečiště a genů rezistence na antibiotika, včetně výpůjčky přístroje

Předmět zakázky

Předmětem zakázky jsou průběžné dodávky laboratorních diagnostických souprav (diagnostik) pro: 1. Kvalitativní průkaz RNA/DNA respiračních patogenů z výtěru z nosohltanu metodou PCR v minimálním rozsahu: Viry Influenza A, Influenza A subtype H1N1/2009, Influenza A subtype H1, Influenza A subtype H3, Influenza B, Coronavirus 229E, Coronavirus HKU1, Coronavirus NL63, Coronavirus OC43, Parainfluenza virus 1, Parainfluenza virus 2, Parainfluenza virus 3, Parainfluenza virus 4, Adenovirus, Respiratory Syncytial virus A/B, Human Metapneumovirus A/B, Rhinovirus/Enterovirus, 2019-nCoV (SARS-CoV-2). Bakterie Bordetella pertussis, Bordetella parapertussis, Chlamydophila pneumoniae a Mycoplasma pneumoniae. 2. Kvalitativní průkaz DNA patogenů a genů rezistence z pozitivních hemokultur: Gram-pozitivní bakterie Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus lugdunensis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae. Gram-negativní bakterie Acinetobacter calcoaceticus- baumannii complex, Bacteroides fragilis, Enterobacter cloacae complex, Escherichia coli, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae group, Proteus, Salmonella, Serratia marcescens, Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, Pseudomonas aeruginosa, Stenotrophomonas maltophilia. Dále průkaz kvasinek Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Cryptococcus neoformans/gattii. Průkaz genů antibiotické rezistence: Karbapenemázy – IMP, KPC, OXA-48-like, NDM, VIM; Colistin Resistance mcr-1; ESBL CTX-M; Methicillin Resistance mecA/C, mecA/C and MREJ (MRSA); Vancomycin Resistance vanA/B. 3. Kvalitativní průkaz RNA/DNA gastrointestinálních patogenů ze stolice v Cary-Blair médiu: Bakterie Campylobacter (jejuni, coli & upsaliensis), Clostridium difficile (Toxin A/B), Plesiomonas shigelloides, Salmonella, Yersinia enterocolitica, Vibrio (parahaemolyticus, vulnificus, & cholerae), Vibrio cholerae. Diarrhogenní E. coli/Shigella E. coli O157, Enteroagregační E. coli (EAEC), Enteroagregační E. coli (EPEC), Enteroagregační E. coli (ETEC) lt/st, Shiga-like toxin produkující E. coli (STEC) stx1/stx2 E. coli O157, Shigella/Enteroinvasive E. coli (EIEC). Viry Adenovirus F 40/41, Astrovirus, Norovirus GI/GII, Rotavirus A, Sapovirus (I,II, IV, and V). Paraziti Cryptosporidium, Cyclospora cayetanensis, Entamoeba histolytica, Giardia lamblia. 4. Kvalitativní průkaz RNA/DNA patogenů způsobujících infekce centrálního nervového systému z mozkomíšního moku: Bakterie Escherichia coli K1, Haemophilus influenzae, Listeria monocytogenes, Neisseria meningitidis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae. Viry Cytomegalovirus (CMV), Enterovirus, Herpes simplex virus 1 (HSV-1), Herpes simplex virus 2 (HSV-2), Human herpes virus 6 (HHV-6), Human parechovirus, Varicella zoster virus (VZV). Kvasinky Cryptococcus neoformans/gattii. 5. Průkaz RNA/DNA patogenů způsobujících pneumonii a další infekce dolních dýchacích cest (DDC) a genetických markerů rezistence vůči antibiotikům z indukovaného a vykašlaného sputa, endotracheálního aspirátu, BALu: Bakterie (semikvantitativní) Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae group, Moraxella catarrhalis, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes. Geny antibiotické rezistence ESBL CTX-M, Carbapenemases KPC, NDM, Oxa48-like, VIM, IMP, Methicilin Resistance mecA/mecC and MREJ. Dále atypické bakterie (kvalitativní) Legionella pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae, Viry Influenza A, Influenza B, Adenovirus, Coronavirus, Parainfluenza virus, Respiratory Syncytial virus, Human Rhinovirus/Enterovirus, Human Metapneumovirus, Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV). 6. Kvalitativní průkaz DNA patogenů a markerů antimikrobiální rezistence spojovaných s kloubními infekcemi ze vzorku synovialní tekutiny: Gram-pozitivní bakterie Anaerococcus prevotii/vaginalis, Clostridium perfringens, Cutibacterium avidum/granulosum, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Finegoldia magna, Parvimonas micra, Peptoniphilus, Peptostreptococcus anaerobius, Staphylococcus aureus, Staphylococcus lugdunensis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes. Gram-negativní bakterie Bacteroides fragilis, Citrobacter, Enterobacter cloacae complex, Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Kingella kingae, Klebsiella aerogenes, Klebsiella pneumoniae group, Morganella morganii, Neisseria gonorrhoeae, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, Salmonella spp., Serratia marcescens. Kvasinky Candida albicans. Geny antimikrobiální rezistence Carbapenemases IMP, KPC, NDM, OXA-48-like, VIM; ESBL CTX-M; Methicillin Resistance mecA/C and MREJ; Vancomycin Resistance vanA/B.